Livre Dunod

Cette page recense les compléments à l'ouvrage « Programmation en Python pour les sciences de la vie » paru chez Dunod en juillet 2019 pour la première édition puis en juin 2024 pour la seconde édition.

Installation de Python & Miniconda

Vous trouverez des conseils pour installer Python avec la distribution Miniconda pour les systèmes d'exploitation Windows, Mac OS X et Linux dans l'annexe B - Installation de Python.

Erratum première édition

Malgré toute notre attention, quelques erreurs ont pu se glisser dans cet ouvrage. Les voici corrigées avec toutes nos excuses.

Page 5. Chapitre 1. Dans la remarque en bas de la page. Il faut lire « On appelle souvent à tort » (et non pas à « tord »).

Page 144. Chapitre 16. Exercice 16.5. Le lien correct vers le fichier à dé-htmliser est https://python.sdv.u-paris.fr/data-files/fichier_a_dehtmliser.html

Page 196. Chapitre 19. Première ligne de la page. La nouvelle méthode est bien .augmente_masse() et pas .ajoute_masse().

Erratum deuxième édition

Malgré toute notre attention, quelques erreurs ont pu se glisser dans cet ouvrage. Les voici corrigées avec toutes nos excuses.

Page 81. Chapitre 8 Dictionnaires et tuples. Dans l'exercice 8.3.6 « Propriétés des acides aminés », le dictionnaire aa2prop doit se lire :

aa2prop = {'A': 'a', 'V': 'a', 'L': 'a', 'G': 'a', 'I': 'a', 'M': 'a',
           'W': 'a', 'F': 'a', 'P': 'a',
           'S': 'p', 'C': 'p', 'N': 'p', 'Q': 'p', 'T': 'p', 'Y': 'p',
           'D': '-', 'E': '-',
           'K': '+', 'R': '+', 'H': '+' }

Page 100. Chapitre 10 Fonctions. Dans la rubrique 10.4 « Renvoi de résultats », il manque le 2 dans la formule qui teste si le nombre x est pair (if x % == 0). Le code correct doit donc se lire :

def est_pair(x):
    if x % 2 == 0:
        return True
    else:
        return False

# Programme principal.
for chiffre in range(1, 5):
    if est_pair(chiffre):
        print(f"{chiffre} est pair")

Page 279-280. Chapitre 22 Module Pandas. Dans la rubrique « Analyse de données temporelles », il faut utiliser la méthode .sum() à la place de .count() lors du comptage du nombre de kinases déposées par an dans UniProt :

(df["Creation date"]
    .value_counts()
    .resample("YE")
    .sum()
    .head()
)

et

(df["Creation date"]
    .value_counts()
    .resample("YE")
    .sum()
    .sort_values(ascending=False)
    .head()
)

La figure 22.3, page 280, a été mise à jour en conséquence.